Fastqc for checking read quality

 I wanted to check whether the bases in a read have low quality. The read looks like this in my fastq file:

@M04241:499:GW19092930:1:2112:8740:16257 1:N:0:TGACCT
CGATGTGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGGTCCCTTAAGCGGAGGCCCTATAGTGAGTCGTATTACAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAATATATACAACCAAATAAAGATGAAAAAAGAAACTCAATCCAAAAGAAATTGTAGAAGCAAGCTACACAGATTGACCGTAATATTTTCAAACTCAGAGCATGAC
+
CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGHHHHHHGHHHHHGGGGGGGGF/GGHGGHHHHGGGHGHHHHHHHHHHHHGGGGG<;-;.000000099.:..09CF0000;;;0;;...;/;0:0;;/0;:.;;;B0009000:9FF//.0;0;/9.000;00:-9:A.0:00000009000000/90900

 I put these lines in a file 'tmp.fastq'.

I ran fastqc using this command:

% module avail -t | grep -i fastqc  [to find the fastqc module on the Sanger farm]

% module load fastqc/0.11.8-c2 [to load the fastqc module on the Sanger farm]

% fastqc tmp.fastq

% unzip tmp_fastqc.zip 

% more tmp_fastqc/fastqc_data.txt 

This shows me the average base quality drops off a lot after position 145 approximately:

#Base   Mean    Median  Lower Quartile  Upper Quartile  10th Percentile 90th Percentile
1       34.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
2       34.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
3       34.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
4       34.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
5       34.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
6       37.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
7       37.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
8       37.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
9       37.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
10-14   37.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
15-19   38.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
20-24   38.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
25-29   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
30-34   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
35-39   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
40-44   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
45-49   38.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
50-54   38.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
55-59   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
60-64   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
65-69   38.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
70-74   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
75-79   38.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
80-84   38.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
85-89   38.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
90-94   39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
95-99   38.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
100-104 38.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
105-109 38.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
110-114 33.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN

115-119 38.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
120-124 38.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
125-129 38.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
130-134 39.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
135-139 38.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
140-144 33.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
145-149 16.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
150-154 15.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
155-159 19.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
160-164 24.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
165-169 17.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
170-174 23.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
175-179 15.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
180-184 21.4    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
185-189 21.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
190-194 24.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
195-199 16.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
200-204 23.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
205-209 18.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
210-214 21.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
215-219 16.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
220-224 18.2    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
225-229 22.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
230-234 15.0    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
235-239 16.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
240-244 14.8    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN
245-249 18.6    NaN     NaN     NaN     NaN     NaN