I wanted to check whether the bases in a read have low quality. The read looks like this in my fastq file:

@M04241:499:GW19092930:1:2112:8740:16257 1:N:0:TGACCT

CGATGTGAGATCCCTCAGACCCTTTTAGTCAGTGGTCCCTTAAGCGGAGGCCCTATAGTGAGTCGTATTACAGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAATATATACAACCAAATAAAGATGAAAAAAGAAACTCAATCCAAAAGAAATTGTAGAAGCAAGCTACACAGATTGACCGTAATATTTTCAAACTCAGAGCATGAC

+

CCCCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGHHHHHHGHHHHHGGGGGGGGF/GGHGGHHHHGGGHGHHHHHHHHHHHHGGGGG<;-;.000000099.:..09CF0000;;;0;;...;/;0:0;;/0;:.;;;B0009000:9FF//.0;0;/9.000;00:-9:A.0:00000009000000/90900

I put these lines in a file 'tmp.fastq'.

I ran fastqc using this command:

% module avail -t | grep -i fastqc [to find the fastqc module on the Sanger farm]

% module load fastqc/0.11.8-c2 [to load the fastqc module on the Sanger farm]

% fastqc tmp.fastq

% unzip tmp_fastqc.zip

% more tmp_fastqc/fastqc_data.txt

This shows me the average base quality drops off a lot after position 145 approximately:

#Base Mean Median Lower Quartile Upper Quartile 10th Percentile 90th Percentile

1 34.0 NaN NaN NaN NaN NaN

2 34.0 NaN NaN NaN NaN NaN

3 34.0 NaN NaN NaN NaN NaN

4 34.0 NaN NaN NaN NaN NaN

5 34.0 NaN NaN NaN NaN NaN

6 37.0 NaN NaN NaN NaN NaN

7 37.0 NaN NaN NaN NaN NaN

8 37.0 NaN NaN NaN NaN NaN

9 37.0 NaN NaN NaN NaN NaN

10-14 37.4 NaN NaN NaN NaN NaN

15-19 38.0 NaN NaN NaN NaN NaN

20-24 38.4 NaN NaN NaN NaN NaN

25-29 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

30-34 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

35-39 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

40-44 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

45-49 38.2 NaN NaN NaN NaN NaN

50-54 38.2 NaN NaN NaN NaN NaN

55-59 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

60-64 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

65-69 38.6 NaN NaN NaN NaN NaN

70-74 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

75-79 38.6 NaN NaN NaN NaN NaN

80-84 38.6 NaN NaN NaN NaN NaN

85-89 38.0 NaN NaN NaN NaN NaN

90-94 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

95-99 38.8 NaN NaN NaN NaN NaN

100-104 38.4 NaN NaN NaN NaN NaN

105-109 38.0 NaN NaN NaN NaN NaN

110-114 33.2 NaN NaN NaN NaN NaN

115-119 38.6 NaN NaN NaN NaN NaN

120-124 38.4 NaN NaN NaN NaN NaN

125-129 38.8 NaN NaN NaN NaN NaN

130-134 39.0 NaN NaN NaN NaN NaN

135-139 38.6 NaN NaN NaN NaN NaN

140-144 33.4 NaN NaN NaN NaN NaN

145-149 16.2 NaN NaN NaN NaN NaN

150-154 15.0 NaN NaN NaN NaN NaN

155-159 19.8 NaN NaN NaN NaN NaN

160-164 24.6 NaN NaN NaN NaN NaN

165-169 17.2 NaN NaN NaN NaN NaN

170-174 23.8 NaN NaN NaN NaN NaN

175-179 15.8 NaN NaN NaN NaN NaN

180-184 21.4 NaN NaN NaN NaN NaN

185-189 21.2 NaN NaN NaN NaN NaN

190-194 24.8 NaN NaN NaN NaN NaN

195-199 16.8 NaN NaN NaN NaN NaN

200-204 23.2 NaN NaN NaN NaN NaN

205-209 18.6 NaN NaN NaN NaN NaN

210-214 21.0 NaN NaN NaN NaN NaN

215-219 16.8 NaN NaN NaN NaN NaN

220-224 18.2 NaN NaN NaN NaN NaN

225-229 22.0 NaN NaN NaN NaN NaN

230-234 15.0 NaN NaN NaN NaN NaN

235-239 16.8 NaN NaN NaN NaN NaN

240-244 14.8 NaN NaN NaN NaN NaN

245-249 18.6 NaN NaN NaN NaN NaN